Pubblicato il 27 ottobre 1518, e in seconda edizione nel 1521, il De immortalitate animae è certamente il più significativo degli scritti in polemica con l’omonima opera di Pietro Pomponazzi. L’immediata risposta del filosofo mantovano, che in poco più di due mesi portò a termine il Defensorium (explicit del 5 gennaio 1519), è segno dell’importanza che egli riconosceva al testo nifiano. A Pomponazzi, Nifo contesta di non avere trattato il tema dell’immortalità da peripatetico ortodosso e di aver tenuto in poco conto, o di aver ignorato, i testi aristotelici che, a suo avviso, non sono interpretabili in senso mortalistico. Pur ammettendo che il pensare, come operazione propria dell’anima, dipenda dall’immaginazione sensibile nell’unione con il corpo, in accordo con le tesi tomistiche Nifo ritiene che l’attività intellettiva, e quindi anche l’anima, abbia un’autonoma sussistenza dopo la morte.