L’Apologia de’ teologi scolastici, scritto durante i dodici anni di detenzione a causa dei dissidi con le autorità ecclesiastiche, si presenta come un’analisi sull’incapacità del Cristianesimo di adattarsi alla vita civile. Non a caso tale opera era preceduta dai Discorsi sulle deche di Tito Livio, che sottolineava come invece i Romani avessero una religione del tutto compatibile con lo sviluppo della vita civile. Nell’Apologia Giannone cerca pertanto di dimostrare che gli errori della teologia scolastica erano solo conseguenze delle precedenti invenzioni e fraintendimenti dei Santi Padri, senza salvare in questa disamina né Agostino né Gerolamo. I principali riferimenti di Giannone sono Jean Daillé, De usu Patrum, e soprattutto il più recente Traité de la morale des Pères de l'Eglise di Jean Barbeyrac. L’opera appare in ogni caso come la più rigorosa demolizione della Défense de la tradition et des Saint Pères che Jacques Bossuet aveva scritto scegliendo come bersaglio Richard Simon.